瑪瑙為二氧化矽的隱晶質產狀，和玉髓的主要分別在於有沒有條狀色帶，通常為富含二氧化矽的地下水流過含孔隙的岩石，二氧化矽在岩石的空洞或者縫隙中逐漸沉積形成晶體。

　有時在岩石空洞中生長的瑪瑙，由於一開始孔隙較大，富含矽的地下水容易進入，故二氧化矽沉澱快速，外層多為瑪瑙或者玉髓(微晶質)，然而當孔隙較小的瑪瑙越來越厚，會使得空洞內部地下水流通的速度減緩，內部的石英晶體由於生長較慢而產生明顯的晶形，此時就形成我們常見的瑪瑙晶洞了。